De meegevoerde bommen kunnen zijn; een groot aantal NAVO bommen en de - ook in gebruik zijnde bij de Klu - AIM-9 Sidewinder air-to-air missiles, AGM-65 Maverick air-to ground missiles. De elektronische oorlogvoering bestaat uit het BAE Systems Sky Guardian 200 radar waarschuwingsontvanger en de Vinten Vicon 78 series 455 countermeasures systeem. Met de avionica zijn onder andere: doel opsporing; control and display; opslag management; communicatie; navigatie en identificatie; zelf-bescherming; en data ophaal en opslag mogelijkheden.

Van een L-159A heeft het Tsjechische Aero Vodochody nou ook een trainer versie ontwikkeld, de L-159T1.